Un grupo de investigadores de Argentina desarrolló un software de código abierto llamado “VICOS” (Vigilancia de Co-Infección Viral) que permite identificar si una persona ha sido infectada con más de una variante de COVID-19.
El software se utilizó para analizar miles 97 secuencias SARS-CoV-2 en muestras clínicas obtenidas entre marzo de 2020 y agosto de 2021, donde los investigadores encontraron poblaciones mixtas de SARS-CoV-2 en el 2 por ciento de las muestras. Es decir, detectaron 23 casos de personas con coronavirus con dos variantes de la COVID-19.
“Detectamos 23 casos de coinfecciones por SARS-CoV-2. El estudio detallado de los resultados de VICOS junto con un análisis filogenético adicional reveló 3 casos de coinfecciones con dos virus del mismo linaje, dos casos con virus de diferentes linajes genéticos, 13 fueron consistentes tanto con la coinfección como con la evolución intrahuésped, y 5 casos probablemente fueron un producto de contaminación del laboratorio”, detalla el informe publicado en la revista Investigación de virus.
Él infección simultánea por dos linajes diferentes de SARS-CoV-2 surgió por primera vez poco después del inicio de la pandemia en una mujer portuguesa de 17 años que, a pesar de gozar de buena salud, desarrolló una enfermedad grave por COVID-19.
Por otro lado, el súper infecciones por coronavirus generalmente aparecen como diseminación viral prolongada y condiciones subyacentes del huésped, como inmunosupresión.
En el software, tanto en la coinfección como en la superinfección, la identificación de poblaciones mixtas de patógenos es más fácil cuando la divergencia viral es alta; sin embargo, puede ser difícil de detectar en entornos de baja heterogeneidad genética.
“La identificación de las coinfecciones por SARS-CoV-2 es más importante considerando la aparición de variantes virales con potencial escape inmunológico y mayor transmisibilidad, que la OMS ha denominado variantes de preocupación o variantes de interés, y la posibilidad de recombinación viral entre ellas”, señalaron los investigadores en la publicación.
Los investigadores concluyeron que VICOS es una herramienta nueva, rápida y útil para laboratorios que realizan secuenciación genómica para vigilancia epidemiológica.
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